Los europeos creían en una teología ortodoxa, fuera católica o protestante. Cada una de las colonias: inglesa, francesa y española estableció una iglesia de estado y procesaban a los disidentes de lo que ellos consideraban “la única, fe verdadera.”  

Los pueblos indígenas eran más tolerantes con las nuevas creencias y formas de acceder a lo divino; sin embargo, los pueblos Powhatan, Algonkino, Huron, y los pueblos indígenas, todos se encontraron con recién llegados que esperaban que abandonaran sus creencias religiosas y adoptaran las europeas.

Cruz de madera de Nuevo México, probablemente del siglo XVIII, con decoración regional. Centro de Bellas Artes de Colorado Springs, Museo Taylor

Jamestown

Los colonizadores de Jamestown no compartían el sentido intenso de misión cristiana que marcó a los puritanos de la Nueva Inglaterra. Aun así, muchos eran creyentes anglicanos sinceros. Para el año de 1668, había sesenta y dos iglesias en Virginia. La colonización dispersa en las plantaciones de tabaco impedía la asistencia regular a la iglesia y la colonia tuvo dificultad para atraer clérigos ingleses a las parroquias remotas del Nuevo Mundo. 

Quebec

El comercio dominó a Quebec en sus primeros años, pero la ciudad también sintió el impacto de la contra reforma, el resurgimiento católico contra la corriente del protestantismo. Unos años después, misioneros recoletos, monjas ursulinas y padres jesuitas se establecieron en la Nueva Francia, donde establecieron iglesias, escuelas, y hospitales. Las autoridades francesas prohibieron a los disidentes protestantes (Hugonotes) permanecer en la colonia, lo cual limitó más el número de inmigrantes a la Nueva Francia. Quebec se convirtió en la primera parroquia de la Nueva Francia en 1664 y en el primer obispado de América del Norte en 1674.

Santa Fe

El franciscano con rango de prelado que llegó en 1611 esperaba eliminar completamente la autoridad civil y convertir a Nuevo México en una provincia exclusivamente misionera. Después de la Rebelión del Pueblo y la reconquista en 1692–93, los sacerdotes que regresaron eran pocos, estaban temerosos y más respetuosos de la autoridad civil y política necesaria para protegerlos. Como la Nueva Francia, Nuevo México, a finales del siglo XVII,  ya no se enfocó tanto al aspecto religioso sino al proyecto político.