Catholiques ou protestants, les Européens croyaient à la théologie orthodoxe. Les trois établissements, anglais, français et espagnol, instituèrent une Église d’État et poursuivirent les dissidents, ceux qui n’adhéraient pas à ce qui était considéré comme « la seule vraie religion ».

Les peuples autochtones étaient plus tolérants face aux nouvelles croyances et relations avec le divin. Les Powhatans, les Algonquins, les Hurons et les Pueblos furent tout de même tous confrontés à des nouveaux venus désireux de les voir abandonner leurs croyances religieuses pour adopter celles des Européens. 

Croix en bois du Nouveau-Mexique, à ornement d’inspiration régionale, probablement du XVIIIe siècle.Colorado Springs Fine Arts Center, Taylor Museum 

Jamestown
Les colons de Jamestown ne partageaient pas ce sentiment puissant d’une mission chrétienne qui habitait les puritains de la Nouvelle-Angleterre. Il n’empêche que beaucoup croyaient sincèrement en la religion anglicane. En 1668, la colonie comptait 62 églises. Les populations dispersées des plantations de tabac pouvaient cependant difficilement fréquenter une église régulièrement, et la colonie avait du mal à attirer des pasteurs anglais dans les paroisses éloignées du Nouveau Monde. 

Québec
Dès les premières années de l’existence de Québec, le commerce fut l’activité dominante, mais la ville n’échappa aux effets de la Contre-Réforme, la réaction catholique à la montée du protestantisme. Il ne fallut que quelques années pour que des missionnaires récollets, des sœurs ursulines et des jésuites viennent s’installer en Nouvelle-France pour y fonder des églises, des écoles et des hôpitaux. Les autorités françaises bannirent de la colonie les dissidents protestants (huguenots), ce qui limita davantage le nombre d’immigrants. Québec devint la première paroisse de la Nouvelle-France, en 1664, et le premier évêché d’Amérique du Nord, en 1674.

Santa Fe
Le plus haut prélat franciscain, arrivé en 1611, voulait éliminer complètement le pouvoir civil et faire du Nouveau-Mexique une province exclusivement missionnaire. Après la révolte des Pueblos et la reconquête en 1692-1693, les prêtres qui revinrent étaient peu nombreux et craintifs. Ils se montraient plus respectueux des autorités civiles et politiques, car ils s’attendaient à recevoir leur protection. Tout comme en Nouvelle-France, le Nouveau-Mexique devint moins une mission religieuse et davantage un projet politique à la fin du XVIIe siècle.